Regreso a los campeonatos profesionales de la FVF en la Tercera División Venezolana 2012, tomando parte en el Torneo de Nivelación 2012, donde compartió el Grupo Central III con equipos como CF Bejuma, Boconoíto FC y UD Sabaneta.
La Tercera División Venezolana 2013/14 dio inicio con el Torneo Apertura 2013, donde atlético chivacoa compartió el Grupo Central II con los larenses UD Lara y Unión Lara SC, la filial del Carabobo FC y el Deportivo Paraguaná.
En la primera mitad de la temporada 2014-2015, finaliza en la séptima casilla del grupo, sumando solo 10 unidades.
En el Torneo Clausura el conjunto disputa 10 fechas, ganado 9 y empatando 1, tras estos números obtiene el pase al cuadrangular de ascenso de la Tercera División de Venezuela que brinda un pase a la Segunda División del balompíe nacional, en este cuadrangular a disputarse 6 fechas el conjunto yaracuyanos gana 4, empata 1 y pierde 1 por la modalidad del for fait, pero aun así logra hacerse son el ascenso a Segunda División y se corona como el campeón de la Tercera División en su edición del 2016.
Juega sus partidos como local en el Estadio Florentino Oropeza, ubicado en San Felipe, Estado Yaracuy Álvaro Valencia Andri Hernández Adán Marrero Hugo Domínguez Juan Oswaldo Rodríguez