Al mismo tiempo, se consolida el número de equipos y jugadores en la base manteniendo grupos desde alevines hasta júnior.
Sin embargo, tras 15 temporadas en Segunda Nacional, al finalizar la temporada 2007-2008 (y tras haber alcanzado el 4.º puesto esa campaña, siendo este el mejor resultado histórico) la entidad sufre una grave crisis institucional debido a los problemas económicos y el cansancio de algunos integrantes del club.
La temporada siguiente, el Semillas KWS (juvenil) se proclamaría campeón del Torneo Nacional de Corrales.
Una campaña más tarde, un histórico, Juan Maisterra, volvería al Balopal para entrenar al primer equipo junto a Fernando López, que también llevaría al juvenil que esa temporada lograría proclamarse campeón de la fase sector de Castilla y León en casa, llegando a jugar el intersector nacional y también ser subcampeones del Torneo de Corrales.
En esta ocasión, dirigido por Fernando Hernández, campeón del mundo con la selección española y medallista olímpico.