En el año 2001, el Salleko Lagunak logró el más importante hito de su historia al proclamarse ganador de la liga Regional Preferente de Álava y ascender a la Tercera división española, debutando en categoría nacional la temporada 2001-02.
Al iniciarse la temporada se llegó a un principio de acuerdo con la S.D.
Para aquel entonces las gestiones para unificar a los dos clubes de Llodio en un único club más potente estaban avanzadas, de tal forma que en la temporada 2002-03 dejó su plaza en Regional Preferente al recién creado Club Deportivo Llodio-Salleko.
[1] Los colores del Salleko Lagunak son utilizados actualmente como segunda equipación por el C.D.
También disputó sus partidos en Tercera División en el abandonado campo de San Juan Bautista.