Cuando por divergencias con la dirigencia de la época decide abandonar la liga en 1984.
En aquellos tiempos con 3 divisionales entró en la C en la que se consagra campeón, participa en la divisional B en 1986 y 1987, año este último en el que logra el campeonato y sube a primera división, hasta la temporada 2012 donde descendió a la B.
El Club social y Deportivo San Francisco entró en la mejor historia del fútbol canario al ganar el título del Monegal 2006 torneo anual de la liga departamental.
En el año 1993 la cat sub-20 logró un hecho inédito que fue lograr 36 de 36 puntos en disputa (en esa época se daba 2 puntos por partido ganado y 1 por empate) y esa misma sub-20 logró el campeonato 93, 94, 95 con la dirección de Miguel Perdomo (el Cotorra).
También en el año 93,94 la categoría sub-15 logra el campeonato de la liga con la dirección técnica del Gallego Queiro.