[1][2][3] Durante sus primeros años solo jugaba en su liga regional, la Liga Guaireña de Fútbol (equivalente a la cuarta división), llegando a ganar 16 campeonatos regionales, varias de ellas polémicas por denuncias de arreglos, pero en el año 2024 inició su participación en la Primera División B Nacional (tercera división), con el objetivo de ascender a la división intermedia (segunda división)., que finalmente fracasó.
[4] En el año 2024 con una gran polémica con el arbitraje y amaño de partidos, el club ganó la Pre-Copa Paraguay - Guairá, por lo que obtuvo el derecho de clasificar a la Copa Paraguay 2024 en representación de su departamento.
[5][6] Esto generó mucha polémica por la falta de ética, ya que teniendo a Guaireña F.C.
en la División Intermedia, el club negro y blanco quiso boicotear a todo el pueblo guaireño.
Su estadio recibe su nombre en honor a Don Valeri ano Villaverde, polémico dirigente del club durante sus primeros años.