El 11 de febrero de 1952, fue nombrado obispo titular Monseñor Antonio María Torasso y los sacerdotes Juan Viessi y Juan Bautista Migani fueron los encargados de hacer el empalme y preparar el traspaso entre las dos comunidades religiosas.
En el año 1957 ante la solicitud de varias familias, Monseñor Antonio María Torasso y el padre José Ravera, decidieron fundar un colegio parroquial al que dieron el nombre del padre Juan Bautista Migani, quien siendo párroco de la catedral Nuestra Señora de Lourdes, logró desarrollar una importante gestión a favor de la educación en el departamento del Caquetá.
Por tradición histórica, la Institución ha sido de carácter masculino, pero a partir del año 2004, se dio apertura a la población femenina y en el año 2008 se graduó la primera promoción mixta.
La institución ofrece modalidad académica con intensificación en Ciencias Naturales, Tecnología e Informática y Electrónica.
En este segundo período se dieron hechos que valen la pena resaltar como: La vinculación del profesor Octavio Vargas Cuellar, (Q.D.E.P.)
Al colegio Migani correspondió el honor de graduar en esta promoción a uno de los mejores bachilleres del país, el señor Leonidas Rico Martínez, galardonado por la empresa Coltejer.
A partir del año 1990 el colegio se consolidó en el campo académico y deportivo, figurando en eventos a nivel nacional y departamental, se creó la dependencia de orientación y Asesoría Escolar (1992), la empresa ECOPETROL becó por primera vez a los mejores bachilleres del país egresados del Colegio Migani (1992 Jhon Manuel Delgado Nivia), se consolidó el desarrollo de eventos deportivos que involucran la comunidad Miganista bajo el nombre de “Olimpiadas Miganista”.
Se dotó el primer gimnasio (1994) gracias a la gestión de los docentes del área de Edufísica y Estética (Gustavo García y Argemiro Andrade).
El año 1997 la Institución celebró sus 40 años con la participación de personalidades del departamento, haciendo un especial reconocimiento a los egresados, quienes a la fecha se encontraban ocupando importantes cargos de dirección en los distintos puntos del departamento en sus más variados campos.
En el año 1998 fue nombrado como Secretario de Educación Departamental el rector de la institución Gustavo Ortiz Hincapié y en su lugar se encargó a quien se venía desempeñando como Coordinador Académico, Juan Wendy Calderón Murcia.
Los primeros años del milenio representan la continuación de las propuestas en marcha sobre rediseño curricular, equipamiento y proyección social.
A partir del 2004 se dio apertura a dos grupos en este nivel, uno en cada jornada, donde figuran los nombres de las profesoras Marina Vela Escandón y Dila María Cuellar Ibáñez.
En el 2007 inició la organización de la banda músico marcial con 25 estudiantes y sus respectivos instrumentos; se proyectó su transformación a 5 años, como Banda Show con 100 a 120 integrantes.
Por fallo de segunda instancia ante la apelación presentada por la administración municipal, se derogó el nombramiento anterior y se asignó como rector encargado al profesor Perdomo Perafán, quien continuó con los procesos hasta finales del mes de marzo cuando renunció y fue reemplazado por rector encargado, Luís Guillermo Romaña Valencia, quien continuó con los diferentes procesos institucionales.