Como consecuencia de la gran inmigración alemana en Argentina antes y durante la Segunda Guerra Mundial, el colegio fue fundado en oposición al régimen nazi, ofreciendo un refugio a pedagogos y estudiantes de origen judeo-alemán que se encontraban perseguidos por el Estado Alemán.
[5][6] La escuela Pestalozzi nace luego del polémico acto realizado en diciembre de 1933 en la Goethe Schule.
El primer director de la escuela Pestalozzi fue Alfred Dang quien había nacido en Kaiserlautern en 1893.
Entre los maestros más destacados de la Pestalozzi podemos mencionar a August Siemsen, Martin Fenske, Walter Damus, Max Tepp y Carl Meffert,entre otros.
Se calcula que existían unas 200 escuelas alemanas en todo el país antes de 1945, si bien las más grandes estaban en Buenos Aires.
Fue la primera institución educativa en Latinoamérica y la cuarta en el mundo en recibir dicha distinción.
Ese mismo año se coloca la placa conmemorativa "Stolperstein" en la entrada del Colegio.
La historia de la escuela Pestalozzi se encuentra documentada en el libro "Por la otra Alemania.