Además pensaba fundar allí una Universidad, como punto de más fácil acceso que el Burgo.
Finalmente la Universidad fue fundada en el Burgo de Osma en 1550 mediante la Bula del Pontífice Julio III.
Pese a los intentos frustrados de crear una universidad, la ciudad contó con tres importantes centros en los que se impartían diferentes cátedras y a los que asistían hacía el siglo XVII unos 700 alumnos según Nicolás Rabal.
Los franciscanos residieron en la ciudad hasta 1835, año en el que es desamortizado el convento destinándolo a hospital.
El centro constaba de cuatro aulas generales donde se enseñaba latín, retórica y teología moral, aulas de primeras letras que sufragaba el ayuntamiento con un sueldo anual de 3200 reales, librería, habitaciones con enfermería y botica, refectorio, despensa y graneros.
En tiempos más recientes, 1965, se creó la Escuela de Ayudantes técnicos sanitarios.
Este centro, perteneció inicialmente al distrito universitario de Zaragoza.