Aunque aún no se había formado la infraestructura de transporte aéreo militar, esa misión se llevó a cabo durante el conflicto con Perú de una manera rudimentaria pero efectiva, con aviones como los Junkers W-34, Ju-52 y BT-32 Condor.
El Escuadrón estaba equipado con W-34, Ju-52, BT-32, C-60 y C-47 Sky Train, pero tuvo su auge real como la cuna del transporte militar durante los acontecimientos del 9 de abril de 1948, donde estableció un Puente aéreo para transportar tropas de diferentes partes del país a la capital.
En 1954 creó un "Escuadrón de Enlace" que operaba por órdenes directas del Presidente de la República, entonces, el Aeropuerto Internacional Gustavo Rojas Pinilla y ubicado en el Tejado.
En 1996 comenzó a tomar forma avances en el área de Infraestructura de Transporte Militar Aviación Comando, la calle estrecha que impedía la entrada y salida de vehículos destinados a la oficina, fue reemplazado por una autovía y un túnel que permite acceder al tráfico vehicular por debajo del acceso Rampa a la pista N ° 2 Aeropuerto Internacional El Dorado.
Además, las instalaciones fueron modernizadas Museo Aeroespacial, único en América Latina, ya que los aviones se mantienen allí como los Junkers 52, AT-6 Texan, C-60 Lodestar, Kansan AT-11, Thunderbolt P-47, Mentor T-34, Silver T -