[4] Tras expirar su mandato en el año 1999, sus funciones fueron retomadas por la «Comisión n.º 27234» durante el gobierno de Valentín Paniagua.
[6] Si bien, su implementación permitió que los arrepentidos revelaran el nombre y la ubicación de miembros de Sendero Luminoso, se detectó que muchos de ellos ofrecieron información falsa o imprecisa lo que resultó en la detención de muchas personas inocentes y la subsecuente condena arbitraria a éstas, además de atraso judicial.
La Comisión tenía por finalidad:[4]... evaluar, calificar y proponer al Presidente de la República, en forma excepcional, la concesión del indulto, para quienes se encuentren condenados por terrorismo o traición a la Patria, en base a elementos probatorios insuficientes que permitan a la Comisión presumir, razonablemente, que no habrían tenido ningún tipo de vinculación con elementos, actividades u organizaciones terroristas... [además]... la Comisión también propondrá al Presidente de la República, en forma excepcional, el ejercicio de derecho de gracia... para quienes se encuentren procesados por delitos de terrorismo o traición a la Patria en base a elementos probatorios insuficientes que permitan a la Comisión presumir, razonablemente, que no habrían tenido ningún tipo de vinculación con elementos, actividades u organizaciones terroristas.Se dispuso que la Comisión estuviera integrada por 3 miembros siendo estos: el defensor del Pueblo (quien además asumía la función de presidir la comisión), un representante del presidente de la República y el ministro de justicia.
Debido a la promulgación de la Ley n.º 25499, conocida como la Ley del Arrepentimiento, se publicó la Ley n.º 26940 mediante la cual se otorgó a la Comisión facultades para que pueda evaluar, calificar y proponer al presidente de la República el beneficio de conmutación de penas para aquellas personas que se acogieron a la Ley del Arrepentimiento.
[9] A través de la Comisión, se permitió el otorgamiento de gracias presidenciales a 535 personas (502 inocentes indultados y 33 subversivos arrepentidos).