En el siglo XV la dinastía Cirksena consiguió establecer su autoridad en prácticamente toda Frisia Oriental.
En 1464, Ulrico I de Frisia Oriental fue elevado al estatus de Conde por el emperador Federico III del Sacro Imperio Romano Germánico, y Frisia Oriental pasó a ser un condado.
El gobernante de Frisia Oriental decidió mejorar su situación recurriendo directamente al emperador del Sacro Imperio.
El emperador dio a Ulrico I el Condado Imperial en Norden, Emden, Emisgonien en Frisia Oriental.
Después de 1519 la Reforma Protestante penetró en Frisia Oriental, inicialmente con una visión muy tolerante hacia del catolicismo.
Después de que Edzard I fuera sucedido por su hijo Enno II en 1528, se inició la supresión del catolicismo.
En 1517 fue firmado un acuerdo en el que se planeó el matrimonio entre Enno II y María de Jever.
Sin embargo, Enno II rompió el acuerdo y en su lugar contrajo matrimonio con Ana de Oldemburgo en 1529.
El poder del conde fue puesto bajo presión en el siglo XVI, parcialmente por causa de la Rebelión neerlandesa.
En 1602, el conde Enno intentó expulsar a los neerlandeses con el apoyo del emperador y el rey de España, pero fue rechazado.
La tropas neerlandesas tuvieron que retirarse en 1672, al inicio de la guerra franco-neerlandesa.