La estructura de la CMT estaba conformada por un Congreso que se reunía cada 4 años.
Este elegía un Presidente, Secretario General, dos Secretarios Generales Adjuntos y seis Vicepresidentes y los demás miembros del Comité Confederal.
Dando un total de 48 miembros que se reúnía anualmente y eran la principal instancia directiva entre Congresos.
El Buró Ejecutivo lo integraban el presidente, Secretario General, dos Secretarios Generales Adjuntos, los seis Vicepresidentes y el Tesorero, y que era el órgano encargado de llevar a cabo las líneas políticas y programáticas de los Congresos.
Secretarios Generales han sido Pieter Jozef Serrarens (1920-1952), August Vanistendael (1952-1990), Carlos Custer(1990-1996) y Willy Thys (1996 hasta la disolución) Regionalmente las organizaciones afiliadas a la CMT se organiza en Estas organizaciones regionales deberán disolverse durante 2007 para conformar las que corresponden a la nueva Confederación Sindical Internacional.