El comité ejecutivo es responsable ante la asamblea general a la que presenta un informe cada tres años.
El Comité Científico está integrado por doce miembros elegidos por el Comité Ejecutivo y cuya secretaría corre a cargo del Secretario Ejecutivo del Consejo, es el tercer órgano de gobierno de CODESRIA.
La Secretaría es responsable de la implementación del programa intelectual ratificado por la Asamblea General.
Desde 2017 el Secretario Ejecutivo es el historiador y analista político keniano Godwin R.
[4] También están relacionadas con esta organización Ayesha Imam, Amina Mama, Charmaine Pereira de Nigeria y Takyiwaa Manuh y Dzodzi Tsikata de Ghana.
La institución acogió también la AFARD (Asociación de Mujeres Africanas para la Investigación y el Desarrollo) creada en 1977 de la que formaban parte Fatima Mernissi (Marruecos), Alya Baffoun (Túnez), Marie-Aimée Hélie-Lucas (Argelia), Ndri Assié-Lumumba (Costa de Marfil), Zen Tadesse (Etiopía), Patricia McFadden (Swaziland) y Ndèye Sow.