Se subordina únicamente a la propia Asamblea Nacional del Poder Popular y esta estructurada verticalmente en todo el país.
Si bien no aparece como órgano estatal creado a partir de la Constitución de la República de Cuba de 1976, vigente aún, se hizo necesario sustituir el entonces inoperante Ministerio de Auditoría y Control (MAC) para perfeccionar la vigilancia sobre los bienes patrimoniales públicos, en tanto que la jerarquía de dicho órgano - asimilable a la de otros Ministerios - mermaba la autoridad de sus decisiones en el orden funcional.
En la nueva Constitución del 2019, en su artículo 160 queda establecida como el órgano del Estado que tiene como misión fundamental velar por la correcta y transparente administración de los fondos públicos y el control superior sobre la gestión administrativa.
El contralor general de la República es su máxima autoridad y le corresponde la dirección y reglamentación de la actividad de la Contraloría en todo el territorio nacional.
El contralor general y los vicecontralores generales son elegidos o revocados, según corresponda por la Asamblea Nacional del Poder Popular o el Consejo de Estado.