Los tres capítulos (τρία κεφάλαια, tría kephálaia) que el emperador Justiniano I anatematizó fueron: En una etapa muy temprana de la controversia, se llegó a hablar de los propios escritos incriminados como los Tres Capítulos.
Sin embargo, estos errores no facilitan la decisión de la condena, pues no había buenos precedentes para tratar con dureza la memoria de hombres que habían muerto en paz con la Iglesia.
Menas, Patriarca de Constantinopla, primero protestó que firmar era condenar el Concilio de Calcedonia, y luego cedió, ya que le dijo a Esteban, el apocrisarius (diplomático eclesiástico) romano en Constantinopla, que su adhesión le sería devuelta si el Papa la desaprobaba.
[cita requerida] Esteban y Dacio, Obispo de Milán, que estaba entonces en Constantinopla, rompieron la comunión con él.
Su actitud general está representada en dos cartas que aún se conservan.
Se aferró a la epístola de Ibas: si ésta fue recibida en Calcedonia, anatematizarla ahora era condenar el concilio.
Esta desventaja debe ser recordada al juzgar la conducta de Vigilio.
Vigilio tuvo que refugiarse dos veces, primero en la Basílica de San Pedro, y luego en la Iglesia de Santa Eufemia en Calcedonia, desde donde emitió una Carta encíclica describiendo el trato que había recibido.
Se llegó a un acuerdo y Vigilio aceptó la celebración de un concilio general, pero pronto retiró su consentimiento.
Así, el cisma se profundizó ahora en líneas políticas lombardo-romanas.
En las décadas que siguieron a la muerte de Justiniano, los cristianos locales estaban más preocupados por su seguridad en las guerras, primero contra un resurgido Persia, y después contra el los árabes, que llegaron a controlar permanentemente los territorios más allá de los Montes Tauro en la década de 630.
Los cristianos de esas regiones se adhirieron a los edictos proclamados en Constantinopla y Roma, manteniendo con determinación sus propias creencias no calcedonianas, o se convirtieron al islam.