La iglesia gótica de San Francisco está adosada al convento por el lado sureste.
La llegada de la orden franciscana a la ciudad tuvo lugar posiblemente en el último tercio del siglo XIII.
Un dato históricamente comprobado es que la fundación existía ya en 1274, según consta en el Archivo Nacional y en documentos del monasterio de Armenteira, testamentaría de Arias Fernández.
[3] La opulencia de esta construcción provocó envidia en los miembros de la orden dominica instalados en la ciudad, que habían rematado su iglesia diez años antes, y que decidieron iniciar en 1380 la construcción de otra iglesia mayor que la franciscana, con cinco ábsides.
Tras la desamortización de Mendizábal el convento quedó deshabitado, siendo propiedad del ayuntamiento.
[13][14] En 1900, el arquitecto Arturo Calvo Tomelén realizó obras de restauración en la cabecera de la iglesia, durante las cuales salieron a la luz las ventanas del ábside y el rosetón del crucero.
[8] En 1917 se alquiló a los franciscanos la iglesia y el convento, incluido el claustro.
[15] En 1950 Luis Menéndez Pidal y Francisco Pons Sorolla restauraron los tejados del convento.
[19] En 2019 la titularidad del edificio pasó a ser asumida por el Ministerio de Cultura.
En el exterior, la fachada principal presenta un arco apuntado y arquivoltas molduradas.
Se accede a la iglesia por una puerta situada en el ala izquierda del crucero.
En el lado izquierdo de la iglesia conventual se encuentran las puertas que comunican la iglesia con el claustro y que permiten el acceso a las dependencias conventuales franciscanas.