El convento fue fundado en el año 1486 por bula del papa Inocencio VIII para acoger a los frailes franciscanos procedentes del Convento de Santa Clara.
Ya a finales del siglo XIX se encontraba abandonado y la Iglesia fue duramente expoliada y quemada durante la Guerra Civil.
Su capilla plateresca del siglo XVI se encuentra convertida en un gallinero y garaje de tractores.
A pesar de estar incluido en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz (May.
2008) se encuentra en estado de abandono, en ruinas y sometido a usos indebidos, como estercolero, gallinero o garaje de maquinaria agrícola.