Llamada también iglesia del Cinamomo, por un árbol de igual nombre que hay cerca de ella, surgió a partir de un beaterio del siglo XV, estableciéndose la casa llamada Corral de los Cárdenas, a la que posteriormente se añadió la Casa del Agua.
[1] El origen del convento de Santa Marta se halla en un beaterio, un grupo de mujeres dedicadas a la vida religiosa, aunque sin pertenecer a ninguna orden ni someterse a ninguna regla monástica.
Este hecho era habitual en Córdoba, pues numerosas órdenes religiosas comenzaron gracias a las donaciones de la aristocracia civil.
[3] Por este motivo tanto el primer conde de Cabra como el segundo se encuentran enterrados en la iglesia del convento.
[4][5] La construcción de la iglesia comenzó a manos de Gonzalo Rodríguez en 1479, quien realizó una única nave cubierta por bóvedas de crucería, como todas los templos jerónimos, y, tras su fallecimiento, su hijo Hernán Ruiz I continuó las obras, terminando la nave en 1490 y la portada principal en 1511.