[2][3][4] Aunque no hay noticia concreta del momento, se sabe que estaba fundado a mitades del siglo XIII, aunque «parece que sus inicios se remontan al reinado de Sancho el Fuerte.»[5] El padre Fausto Andía, en su manuscrito sobre la historia del convento redactado durante la primera mitad del siglo XVIII, se aventura, tras diversas conjeturas, a establecer la fecha de 1218 aunque reconoce que no hay base documental directa que lo avale.
[9] Durante el capítulo provincial de la orden, en 1242, ya hay referencia a su existencia.
[b] La cofradía allí fundada atendía y acogía a los peregrinos del Camino de Santiago.
[13] Sucesivamente los monarcas castellanos (Fernando el Católico, en 1514, y Carlos I, en 1519) compensaron a los frailes para que construyeran un nuevo convento.
[17][18] Se completaba con estas construcciones, junto al recinto amurallado exterior una estructura urbana de Pamplona que se mantuvo prácticamente intacta hasta principios del siglo XX, incluyendo las nuevas Plaza del Castillo y Plaza Consistorial.
Durante el primer tercio del siglo XIX, a resultas de las leyes desamortizadoras, el templo fue cerrado al culto en 1836.