La Copa Intertoto de la UEFA 1999 fue la edición número 5 de la competición.
Juventus, West Ham United y Montpellier fueron los campeones.
(*) = Declaración y confiscación.
Global: 1:1 Avanza la Juventus por Regla del gol de visitante Global: 2:1 Global: 1:9 Global: 2:0