La Copa Merconorte 2000 fue la tercera edición del torneo de clubes de la región norte de América del Sur, organizado por la Confederación Sudamericana de Fútbol, en la que participaron equipos de siete países: Bolivia, Colombia, Costa Rica, Ecuador, México, Perú y Venezuela.
Tal como había ocurrido en las dos ediciones previas, el enfrentamiento en la final se dio entre dos equipos de Colombia.
Los 16 participantes fueron divididos en cuatro grupos de 4 equipos, donde cada uno enfrentó a sus rivales de zona bajo un sistema de liguilla a doble rueda, ida y vuelta.
Desde allí, ante la igualdad de puntos, obtenía la clasificación el equipo con mejor diferencia de goles; de persistir el empate, se efectuaron tiros desde el punto penal.
Rueda Salcedo Muñoz González Aristizábal Galindo Ruiz Nápoles Alfaro