La Copa Presidente de la Diputación de Jaén de Fútbol 2016 es la 3.ª edición de dicha competición.
Este torneo comenzó el 8 de agosto de 2016.
La edición consta de dos fases, una previa y otra fase final que consta de los 16 mejores equipos de la Provincia de Jaén.
El defensor del título es el Real Jaén, que no pudo defenderlo al caer en octavos de final.
La final de este torneo se disputó en el estadio Municipal de Baeza, en Baeza.