La materia fecal para coprocultivo debe estar libre de contaminantes como orina o papel higiénico.
Se puede obtener la muestra recogiendo las heces en una bolsa plástica adosada a la taza del inodoro o utilizando equipos de recolección comerciales.
En caso de bebés, se puede adosar la bolsa al pañal.
Una vez obtenida la muestra se debe colocar en un recipiente estéril y derivarla al laboratorio lo más rápido posible.
Se vigila el crecimiento, y en caso de existir microorganismos se les identifica mediante microscopía o empleo de tinciones específicas.