El C90 fue un desarrollo de la arquitectura Cray Y-MP.
Comparado con el Y-MP, el procesador C90 tenía una doble línea de ejecución vectorial y un ciclo de reloj más rápido de 4,1 ns (244 MHz), el cual le daba un rendimiento tres veces superior al del procesador Y-MP.
La serie C90 usaba el mismo subsistema de entrada/dalida Model E y el sistema operativo UNICOS del primer Y-MP Modelo E.
La máxima memoria estática estaba entre 1 y 8 GB, dependiendo del modelo.
Las variantes D92, D92A, D94 y D98 (también conocidos como los C92D, C92AD, C94D y C98D respectivamente) estaban equipadas con las memorias DRAM, más lentas pero de mayor densidad, permitiendo incrementar el tamaño de la misma hasta 16 GB, dependiendo del modelo.