Lanzado en 1993, fue también la primera vez que Cray uso un microprocesador no propietario en un supercomputador.
Las EP T3D corren un simple microkernel llamado UNICOS MAX.
Los modelos MC (Multi-Cabinet, "multi-gabinete") estaban alojados en uno o más gabinetes refrigerados por líquido separados del servidor, mientras que los modelos MCA eran configuraciones multi-gabinete más pequeñas (32 a 128 EP) enfriadas por aire.
Había también un modelo MCN enfriado por líquido el cual tenía una conexión alternativa que permitía una cantidad de EP que no fuera potencia de dos.
El gabinete Cray T3D MC tenía una laptop Apple Macintosh PowerBook integrada en su frente.