Parece ser que la razón de su construcción obedecía simplemente a criterios estructurales «puesto que no está atestiguado el culto a reliquias relevantes durante el primer siglo» de la colegiata.
Por esta razón la cripta cuenta con ventanas al exterior.
Se levantó cerca del Hospital de la Caridad, hacia el este, dejando «espacio para la calzada jacobea».
Para proteger estas pinturas se decidió cerrar la cripta durante muchos años al público, pero fue reabierto hace unos pocos años y actualmente se puede visitar.
Aunque es un conjunto pictórico modesto «los motivos empleados no se repiten en otros templos peninsulares, por lo que cabe suponer su ejecución por el equipo de artistas franceses que construyeron la iglesia».