Cristóbal nació en Badajoz en 1625 y era hijo del segundo matrimonio de Juan Manuel de Villena y Hurtado de Mendoza, VII señor de Cheles, con María Portocarrero de Montoya y Luna.
Cristóbal ostentó el título de conde de Vía Manuel durante once años, falleciendo en 1700 a los 75 años.
Su hijo Juan heredó todo su patrimonio pasando a ser el nuevo conde de Vía Manuel y señor de Cheles.
El conde casó en primeras nupcias con Leonor Botello de Mendoza en 1675, matrimonio del que nació una única hija: Tras enviudar el primer conde de Vía Manuel, casó en segundas nupcias con María Josefa de Flores y Barrantes —hija de Pedro Alfonso Flores Montenegro y Sarmiento de la Cerda e Inés Lucía Barrantes Figueroa y Ulloa, III vizconde de Peñaparda de Flores—.
De este matrimonio nacieron seis hijos: