Ante la ocupación danesa, el nuevo duque tuvo que huir hacia Hamburgo y desde entonces su vida estaría marcada por la lucha contra Dinamarca.
En un intento por alcanzar la paz, se casó en 1667 con la princesa danesa Federica Amalia, pero nada cambiaría en el conflicto.
Buscando protección contra su enemigo, el duque buscó la protección de Suecia, país con el que su padre había iniciado una política de cooperación.
En 1675, la guerra lo hizo escapar de sus posesiones, y tendría que permanecer en Hamburgo hasta 1679, y nuevamente de 1684 hasta 1689.
Pudo volver a gobernar el ducado gracias a la intervención del emperador y de otros aliados europeos.