Apoyados por otras familias europeas soberanas, que consideraban que los Saboya eran usurpadores del trono borbónico, los Borbón-Dos Sicilias eran muy conscientes de la importancia de un fuerte linaje sano, para alentar a los antiguos súbditos a actuar contra los Saboya.
Su naturaleza profundamente religiosa y tímida también le había impedido cualquier contacto íntimo con su esposa.
María Sofía, después de ser paciente durante algún tiempo, finalmente había dado rienda suelta a su sensualidad al embarcarse en varias relaciones extramatrimoniales.
Esperándola Francisco, el cual bajo la presión del emperador y la corte papal, finalmente decidió someterse a una operación para resolver su problema físico; María Sofía, de vuelta en Roma, encontró el regalo de su hermana: una costosa cama doble.
Como era costumbre, los padres rara vez visitaban a los recién nacidos (y a los niños, en general), había poca supervisión que podría haber impedido que la salud de la niña se deteriorara rápidamente por estas peculiaridades.
Su muerte, con sólo tres meses de edad, sacudió para siempre las relaciones entre sus padres: María Sofía abandonó Roma, para nunca regresar, mientras que Francisco se volvió aún más introvertido, perdiendo interés en las funciones reales y dedicando su tiempo casi en su totalidad a la oración y las funciones religiosas.