El origen del crucifijo se encuentra en un milagro atribuido a Dios en favor de San Francisco Javier, cuando este era misionero en el lejano Oriente.
En este colegio se veneraba ya como reliquia por haber sido Francisco Javier canonizado en 1622.
Al año siguiente José Cayetano junto con otros compañeros estudiantes otorgaron un documento en Tivoli por el cual atestiguaban que se trataba el crucifijo guardado en Coimbra, siendo después entregado al general de la Compañía de Jesús, Lorenzo Ricci.
Finalmente, unos años después sería regalado por la Compañía de Jesús al cardenal Francisco Javier Zelada.
Tras la muerte del cardenal el crucifijo sería custodiado por un familiar suyo en Barcelona, siendo finalmente entregado a un capuchino llamado fray Ambrosio.