Esta especie fue descrita originalmente en el año 1970 por los zoólogos A. Langguth y A.
[4][3] Topónimo que refiere al departamento de Río Negro, Uruguay en la cual fue observado por primera vez.
[7] En la provincia de Entre Ríos hasta 2016 aparece una nueva población en el parque nacional Pre-Delta y en 2024 se localizan 5 nuevas poblaciones en la provincia: tres dentro del Parque Nacional El Palmar, una en Ubajay y otra en Mabragaña (Departamento de Colón).
Se le considera una especie perteneciente al grupo filogenético Mendocinus; que comprende varias especies del género Ctenomys.
[5][10] Según la organización internacional dedicada a la conservación de los recursos naturales Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN), al tener una distribución poco extendida, sufrir algunas amenazas ya que su hábitat es muy adecuado para ser destinado a la forestación industrial, y vivir en pocas áreas protegidas, la clasificó como una especie “En peligro” en su obra: Lista Roja de Especies Amenazadas.