La dueña de la hacienda donde eran obligados a trabajar, doña Jacinta, intenta impedir que los tres peones se marchen, pero el capitán la encara y le deja claro que había perdido el poder sobre ellos.
Eventualmente las fuerzas conchistas empiezan a propasarse en su accionar, ejecutando personas inocentes y robando ganado de haciendas asediadas.
Cuando la rebelión es derrotada, los combatientes conchistas resumen sus actividades cotidianas, pero el gobierno nombra a varios blancos para pacificar la provincia.
El crítico británico Henry J. Richards se refirió positivamente a la novela, aseverando que ubicaba a Estupiñán en la vanguardia de escritores hispanoamericanos de la época.
Galo René Pérez, por su lado, calificó Cuando los guayacanes florecían como una hermosa novela, asegurando que el autor había logrado retratar la experiencia del hombre afroecuatoriano en la provincia de Esmeraldas, apreciación compartida por el crítico y escritor Hernán Rodríguez Castelo.