La oquedad está situada en la ladera de la colina Bülbüldağ y fue descubierta en los años 90 del siglo XX.
Según el Nuevo Testamento el apóstol Pablo llegó a Éfeso en el otoño del año 54 dC, durante su tercer viaje misionero, y vivió en la ciudad durante más de tres años.
La cueva aparentemente fue un sitio de peregrinación cristiana desde el siglo I o el siglo II, y puede haber estado asociada con el ministerio de san Pablo en Éfeso.
A lo largo de los siglos, la gruta fue decorada con frescos e inscripciones.
[1] En la actualidad, la Cueva de San Pablo no está abierta al público y solo puede ser visitada con un permiso especial.