Según varios científicos, este sitio ofrece evidencias de ocupaciones humanas anteriores al período de la Cultura Clovis, aunque su antigüedad es controvertida por algunos.
La cueva se abre en un acantilado de rocas calcáreas del pérmico dejadas sobre un cañón áspero por los antiguos lagos glaciares que atraían rebaños de bisonte, mamut, camélidos y caballos luego extintos.
Durante las excavaciones, los materiales recuperados han sido revisados por un panel interdisciplinario de especialidades científicas complementarias, como geología, climatología, paleontología, botánica y palinología (estudio de las esporas y el polen).
De esta manera ha sido posible restaurar virtualmente el entorno natural y el medio ambiente en que vivieron los primeros habitantes del lugar.
Entre los hallazgos se destacan los siguientes: La edad y la naturaleza de algunos restos humanos hallados en la cueva Pendejo han sido cuestionadas por algunos autores: