Desde 2001 a 2007, Custódio jugó para el Sporting Clube de Portugal, haciendo su debut en primera división el 16 de agosto de 2003 y terminando su primera temporada con 22 partidos del primer equipo.
En 2006-07, el entrenador Paulo Bento lo nombró capitán del equipo, en reconocimiento a su trayectoria en las exhibiciones deportivas y coherente en las temporadas anteriores.
Custódio pasó la primera mitad de la temporada 2011-12 en el banquillo, por una lesión grave en la rodilla.
[2] Recuperado de su lesión comenzó a aparecer regularmente en el once inicial, anotando contra el Marítimo (2-1 victoria visitante) y Guimarães exequipo (4-0, en casa).
En marzo de 2020 se estrenó en los banquillos al asumir el cargo de entrenador del S. C. Braga tras la marcha de Rúben Amorim al Sporting C. P.[3] La experiencia fue breve ya que abandonó el cargo el 1 de julio tras haber dirigido seis partidos.