Realizó sus primeros estudios en su ciudad natal con el maestro José Diéguez, y luego se trasladó a Pamplona, donde terminó su educación básica.
Pese a ser abogado de profesión, Zapata dedicó pocos años al ejercicio profesional, y alternó sus actividades con la enseñanza.
[1] En San Cristóbal, Táchira, los hermanos Zapata crearon una institución educativa donde se infundía ideas científicas y técnicas, en 1856.
En 1857 se inició en la política, siendo representante por Santander a la Asamblea Constituyente que convocó el presidente conservador Mariano Ospina Rodríguez.
En 1863 su partido tomó el poder tras unas convulsas revueltas en las que el propio expresidente Ospina terminó apresado bajo las órdenes del general Tomás Cipriano de Mosquera, quien se convirtió en dictador en 1863, derogando la constitución de 1858 y promulgado una nueva carta política, más radical (aunque preservó la calidad federal del estado colombiano).
Sin embargo, Zapata era un liberal moderado del sector maquetista, y se enfrentó en acalorados debates contra el sector radical liderado por el médico y abogado Manuel Murillo Toro, expresidente del país quien sucedió a Mosquera en el solio presidencial en 1864.