Bajo su gobierno se empezaron a implementar las políticas del apartheid.
En 1905 fue ordenado sacerdote de la iglesia Nederlandse Hervormde Kerk (Neerlandesa Reformada) y fue destinado a Montagu donde permaneció hasta 1915.
Las ideas de supremacismo blanco junto con un fuerte componente profético y mesiánico producto del calvinismo serían las bases de la ideología del Partido Nacional.
En 1924, cuando el partido ganó las elecciones bajo el liderazgo de James Hertzog, Malan pasó a ocupar el cargo de Ministro del Interior, Educación y Salud Pública; cargo que mantuvo hasta 1933.
Malan estuvo a la vanguardia del esfuerzo para sustituir el inglés por el afrikáans en la constitución.