En 1772, estuvo destinado en la guarnición de Gibraltar, desde donde su comandante general Edward Cornwallis envió al joven teniente a la corte del emperador marroquí en una misión diplomática.
En 1790, Houghton se acercó a la African Association en Londres, proponiendo una misión para viajar hasta el río Gambia y explorar el interior de la costa oeste de África.
Desembarcó en Barra, en la actual Gambia, y procedió al puesto comercial río arriba en Pisania.
El gobernante local, sin embargo, resultó hostil al recién llegado, y Houghton fue robado de nuevo.
Posteriormente, fue abordado por un comerciante llamado Madegammo que se ofreció a tomar Houghton hasta Tombuctú por una tarifa.
En julio de 1793, llegaron finalmente a Londres informes confirmando que Houghton había muerto en África.
Por tanto, había decidido viajar a través del desierto hasta Tisheet, en el norte.