Knežević comenzó su carrera futbolística en las categorías inferiores del HNK Rijeka.
Pronto se convierte en titular indiscutible, tanto es así que en las 5 temporadas que pasa en el primer equipo participa en 120 partidos.
Con este equipo se proclama dos veces campeón de Copa (2005 y 2006).
Su debut en la Serie A se produjo el 25 de octubre en la derrota que sufrió su equipo contra el Inter de Milán por cuatro goles a uno.
En ese partido Knežević marcó un su único gol como internacional.