Este juego estaba pensado originalmente como un título disponible desde el lanzamiento de la PS2 pero fue retrasado y publicado algunos meses después.
Una vez que los estudiosos han logrado traducir la historia, se comienza a debatir su importancia y verificabilidad.
La historia comienza en un lugar llamado el Santuario Oscuro, donde se está realizando una ceremonia para despertar al Dark Genie, una criatura legendaria de gran poder.
Toan, un habitante de la aldea Norune, recibe de parte del Rey Hada una piedra azul llamada Atlamillia, y descubre que debe buscar a la gente y objetos encerrados en los orbes flotantes llamados Atla para restablecer el continente.
Después de esto, Seda le lanza a Toan una poción cambiante como un regalo, la cual usa en el gato haciendo que se transforme en Xiao, que es mitad humana y mitad gato; una nueva aliada para la misión de Toan.
Al derrotar a Dran se libera del control del genio y le sugiere a Toan que encuentre al Pueblo Lunar, y los dirige hacia el Gran Treant en la aldea Matataki.
En el camino encuentran el Templo del Sol y la Luna, donde comienzan a recolectar los Atla para restablecer la aldea, y al llegar al último piso del templo, encuentran un pasadizo que los lleva hasta la Nave Lunar.
El protagonista principal, un joven llamado Toan, pelea con dagas, cuchillos y espadas.
Toan proviene de la aldea Norune y su voz no se escucha a lo largo del juego.
Todo iba mal, y Seda casi había perdido la esperanza, hasta que un viejo hombre encapuchado se acercó a él.
Ofreció un gran poder, pero que necesitaba un poco de la sangre del propio Seda.
Desesperadamente, Seda se cortó y le dio toda la sangre que necesitaba al encapuchado.
Seda ganó la guerra con gran facilidad y volvió a casa para estar con Sophia.
Cuando llegó Toan al castillo oscuro del cielo, Seda se le acercó y le explicó su historia, diciendo Toan que él era el único que podía derrotar a la Genio oscuro.
La versión en inglés de Dark Cloud tiene más características añadidas, incluyendo la habilidad para mejorar las armas, duelos adicionales y un calabozo extra después de completar el juego, el cual no aparece en la versión japonesa.
La banda sonora oficial de Dark Cloud fue comercializada en el mercado japonés a finales del año 2001.