Comienza su carrera como aprendiz de Farmacia en Celle, y luego asistente de Farmacia en Hamburgo, Halle, Wolfenbüttel, y Ratisbona.
Más tarde estudia Medicina e Historia natural en la Universidad de Erlangen, en Núremberg, y ya graduado retorna a Ratisbona como médico.
Hoppe es recordado por sus contribuciones al estudio de la flora alpina.
Con el briólogo Christian Hornschuch (1793-1850) publican un tratado acerca de una extendida jornada científica a las costas del Adriático y a las montañas de Carintia y de Tirol, llamado Tagebuch einer Botanischen Reise nach den Küsten des Adriatischen Meeres und den Gebirgen von Kärnten, Tirol und Salzburg.
En mayo de 1790, Hoppe funda la "Sociedad Botánica Regensburgische", que fue la primera organización botánica en Baviera, y hoy es la sociedad más antigua del mundo.