Los decretos sólo tuvieron vigencia en la España "afrancesada", la que estaba bajo la autoridad de José I Bonaparte y del ejército francés, y no se aplicaron en la España "patriota" en la que las Cortes de Cádiz detentaban el poder en nombre de Fernando VII, cautivo en Francia, único rey al que reconocían.
La revuelta antifrancesa iniciada en Madrid el 2 de mayo de 1808 se extendió por todo el país, formándose juntas que asumieron el poder en nombre del rey que consideraban legítimo, Fernando VII, y le declararon la guerra al Imperio napoleónico.
En todo caso, continúan diciendo, los decretos fueron publicados en la Gazeta de Madrid, «el periódico destinado a transmitir a la población las decisiones oficiales, y una vez restablecido en el trono, José I no lo[s] derogó».
Este cambio de actitud de Napoleón respecto de la Inquisición, según Emilio La Parra y María Ángeles Casado, se explica por razones propagandísticas –así se presentaba ante los franceses y ante toda Europa como el libertador de los pueblos oprimidos por el fanatismo religioso- y también porque ya no le servía «para sujetar a la población al soberano establecido, que según Napoleón solo podía ser su hermano [José I]».
[8] Según el hispanista francés Joseph Pérez, «esas medidas tan radicales cogen desprevenidas a las minorías españolas, que nunca pensaron que se llegaría tan lejos».