El Cajasur Deportivo Córdoba se crea en el año 1984, en un principio sólo con equipos masculinos de distintas categorías.
En la temporada 2004-05 Se logra el primer puesto en el campeonato de Primera División Andaluza.
[2] También se crea la escuela de fútbol sala femenino del club con un equipo en Primera Andaluza Infantil quedando en una segunda posición en la liga.
Desde la temporada 2016-17 milita en la Segunda División Nacional, finalizando el 10º lugar en su regreso a la categoría de plata, y en 11.ª posición en 2017-18.
En dicha temporada 2018-19, tras concluir en 4ª posición el curso anterior, el equipo se mantiene en Segunda división y disputa la Copa de SM La Reina.