El resto del aminoácido está compuesto principalmente de carbono e hidrógeno, y se recicla u oxida para obtener energía.
Esto puede ocurrir in vitro mediante el uso de bisulfito, que desamina la citosina, pero no la 5-metilcitosina.
El sitio abásico resultante es reconocido por las enzimas ( endonucleasas AP) que rompen un enlace fosfodiéster en el ADN, lo que permite la reparación de la lesión resultante mediante el reemplazo con otra citosina.
La ADN ligasa luego forma un enlace fosfodiéster para sellar el producto dúplex mellado resultante, que ahora incluye una citosina nueva y correcta (reparación por escisión de la base).
Esto deja un sitio abásico que es reparado por las endonucleasas AP y la polimerasa, como ocurre con el uracilo-ADN glicosilasa.