Se lo considera una de las primeras relaciones conocidas entre España y el país nipón.
Tras su marcha, la misión evangelizadora en Hirado quedaría a cargo del padre Cosme de Torres.
En la antigua capital, Kioto, sin embargo, San Francisco Javier y sus acompañantes quedarían decepcionados por la falta de poder real del emperador, por lo que volverían a Yamaguchi.
Allí se les permitió utilizar un templo budista abandonado para vivir y predicar el cristianismo en ese lugar durante varios meses.
Algunos de los misioneros que llegaron a Japón con Francisco Javier mantendrían las misiones en Japón, aunque pocos años después comenzaría la persecución y el asesinato de portugueses, españoles y japoneses convertidos al cristianismo.
Sebastián Kimura continuó sus estudios en varios lugares donde los religiosos habían logrado refugiarse, como Shimabara o Amakusa.
En 1595 fue elegido para ser el primer japonés que completase sus estudios filosóficos y teológicos junto a la Compañía de Jesús en Macao.
No obstante, en 1614 la persecución de los cristianos volvió a reanudarse, y muchos religiosos europeos fueron expulsados del país.
Pensando que así recobraría la libertad, la mujer coreana denunció a Kimura ante las autoridades.