En 1583 y 1593 fue visitada por arzobispo santo Toribio de Mogrovejo.
En el siglo XVI se construyeron los templos de San Cristóbal en 1542, primer templo de la ciudad, Santo Domingo en 1543, San Francisco en 1560, y la Merced en 1566; mientras que en el siglo XVII se construyeron el templo de San Sebastián.
[5] En el siglo XVI se registran como curatos a Huacaybamba, Llata y Huacrachuco integrando a Huamalíes; en 1796 se cuenta 8 curatos con 18 clérigos por Huamalíes y 4 curatos con 9 clérigos, 30 religiosos y 15 beatas por Huánuco.
[6] El 28 de octubre de 1746 Huánuco sufrió un terremoto, ante la desgracia el pueblo recurrió ante la imagen para que los ayude a recuperarse y así poder progresar; por lo cual se originó la más importante fiesta local que se da del 23 al 30 de octubre.
Le seguirían los obispos Alfonso María de la Cruz, Pedro Pablo.
Siguieron los obispos Ignacio; cuyo episcopado duraría 20 años, Antonio, Ermanno, y Jaime Rodríguez Salazar.
El obispo Francisco Rubén gobernó durante 24 años, seguido por el obispo Ignacio quién gobernó 20 años; excluyendo la duradera administración de Manuel Teodoro.
El obispo Alfonso María de la Cruz es el único nacido en Huánuco; mientras que los demás son de otras localidades: Pedro Pablo nació en Callao, Francisco Rubén en Omate (Moquegua), Teodosio en Jauja (Junín), Carlos Alberto en Simbale (Trujillo), Ignacio en Caraz (Huaylas); el actual obispo es de Pacopampa (Cajamarca).