La diócesis de Labuan Bajo (en indonesio: Keuskupan Labuan Bajo) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Indonesia.
La diócesis tiene 3141 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en la regencia de Manggarai Occidental de la provincia de Islas menores de la Sonda orientales.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Labuan Bajo, ubicada en la isla de Flores, en donde se halla la Catedral del Espíritu Santo.
En 2024 en la diócesis existían 25 parroquias.
[1] Según el Boletín de la Santa Sede que anunció la erección de la diócesis, a mediados de 2024 la diócesis tenía un total de 215 270 fieles bautizados.