La diócesis fue erigida en 1009 por san Esteban I de Hungría.
El segundo obispo, Mauro, venerado como un santo, construyó la catedral.
El papa Clemente III concedió a los obispos de Pécs el uso del palio y el privilegio de ser precedidos por la cruz como recompensa por el contraste con la herejía Pataria perseguida por el obispo Kalán que vivió entre los siglos XII y XIII.
Estos privilegios despertaron molestia en los arzobispos de Esztergom, pero fueron reconfirmados en 1754 por el papa Benedicto XIV.
[1] En 1367 el obispo Wilhelm Koppenbach transformó la escuela capitular en una universidad, que floreció durante un tiempo, hasta la batalla de Mohács en 1526, que precedió al paso del territorio de la diócesis bajo el dominio del Imperio otomano, que tuvo lugar en 1543.