La diócesis tiene al obispo Hassa Florent Koné como su ordinario desde el 7 de octubre de 2021.
Los obispos de Bamako, Toulotte, Lemaître y Sauvant abrieron varios puestos de misión entre finales del siglo XIX y las primeras décadas del siglo XX, entre ellos Segú (1895), Toma (1913), Minankofa (a orillas del río Bani, en 1920) y Sikasso (1922).
En 1922 monseñor Sauvant envió a tres religiosos de los Misioneros de África, los padres Félix Théaudière, Ernest Duvernois y Eugène Ratisseau, con el objetivo de fundar una misión entre Segú y Toma.
Subiendo en una piragua el río Bani hasta Belenityeni, llegaron a la ciudad de San a bordo de carretas con sus tres bicicletas.
El 29 de septiembre de 1964 la misión sui iuris fue elevada a diócesis con la bula Qui benignissimo del papa Pablo VI.