Esta especie fue descrita originalmente en el año 2017 por los ictiólogos María Gloria Eliana Arratia Fuentes y Quezada-Romegialli.
[3] Etimológicamente el epíteto específico incognitus refiere a que la detección del taxón fue durante mucho tiempo ensombrecida al creerse que la distribución de Diplomystes chilensis se extendía también a las cuencas ubicadas al sur de la hoya hidrográfica del río Maipo.
[3] Diplomystes incognitus presenta mayormente la piel verdosa, con pequeñas manchas negras y doradas; ventralmente el color pasa a marrón rojizo con el abdomen amarillo-cremoso.
[3] Diplomystes incognitus es una especie endémica del centro de Chile.
Al norte de esta distribución —en la cuenca del río Maipo— es reemplazado por Diplomystes chilensis mientras que al sur —en las cuencas de los ríos Biobío e Imperial— habita Diplomystes nahuelbutaensis.